Da ist kein APFS-Container löschbar weil keiner vorhanden ist. Sofern die Volumebezeichnung auf der internen Platte "OSX 10.11" korrekt ist und da ein El Capitan drauf ist, stimmt das natürlich auch, El Capitan kennt AFPS noch nicht bzw. kann nicht davon booten. Wobei das anscheinend aktualisiert ist und Mojave via "OSX 10.11" läuft, wenn ich das richtig verstehe. Unabhängig von dem Problem das du lösen willst (das ich leider nicht nachvollziehen kann, weil auf dem Screenshot kein APFS erkennbar ist), machst du dir wie man hier sieht mit dem Arbeiten auf Partitionsebene eher mehr Arbeit als es vermeidet.
Du kannst eine APFS-Platte sehr wohl klonen, auf Blockebene mit dem beliebten und zuverlässigen Bordmittel dd. Dafür gibt es auch Tools die ein GUI bereitstellen, wenn du das Terminal nicht so gerne hast. Damit kannst du auch einen startfähigen Klon anlegen, Mojave mit APFS hat da gar keine Probleme damit. Weil das auf Blockebene 1:1 kopiert wird, ganz egal welches Dateisystem drauf läuft. Du könntest auch ein Bootcamp-Windows damit kopieren und das würde genauso noch lauffähig bleiben.
Da ich keine Details zum Problem sehe oder Fehlermeldungen oder Screenshots, die das Problem zeigen, wird es mit dem aktuellen Stand nicht möglich sein was zu tun. Vor allem wenn du so eine Sondersache fährst, sehe ich ehrlich gesagt auch den deutlich erhöhten Zeitaufwand in deiner Verantwortung, dass du dir das selbst zusammenfrickelst - noch dazu kannst du dann nie wieder was updaten oder an dem über 10 Jahre alten Setup ändern, weil es heuzutage nix mehr ohne APFS bei Apple gibt.
Mit einem aktuellen Mac und MacOS geht das mit bootfähig klonen tatsächlich nicht mehr, aber das liegt nicht an APFS (sonst würde es nicht mit Mojave noch funktionieren), sondern an den aktuellen Sicherheitsmechanismen, die zB einen Boot erst erlauben, wenn einmalig eine Verbindung zu Apples Servern hergestellt wurde und die ein OK gegeben haben. Da kann man natürlich schon der Meinung sein, dass das vollkommen unerhört ist und dass dir sowas nicht ins Haus kommt - dann ist es mit Apple aber für dich gelaufen. Denn sämtliche aktuellen Apple-Geräte die ein OS booten, müssen über Apples Server einmalig "aktiviert" werden, sonst bleibt sogar eine Apple Watch ein Briefbeschwerer. Sogar die läuft mit APFS 
 
Die Probleme die du mit APFS siehst, kommen in der Praxis eigentlich nicht zum Tragen. Oder auch die Server-Pflicht für den ersten Boot. Da bist du sicher genauso wie ich informiert und kaufst dir das nicht blind, sondern weißt schon genau worauf du dich einlassen kannst. Ich weiß, dass ich nach dem Kauf zur Aktivierung einmal ein Internet zwingend brauche, und dass ich meine Backups mit Timemachine mache. Hier hatte ich bei einem Intel-MBP aus 2015 mit aktuellem MacOS einen Restore gefahren (SSD getauscht), dazu 1x mit USB-Stick MacOS frisch aufgespielt und dann mit Timemachine über Nacht die Daten zurückspielen lassen. Hat länger gedauert, weil eine 2TB-SSD drin ist und der Restore über Wifi lief.
An keiner Stelle benötigte ich ein bootbares Backup oder wurde von APFS in irgendeiner Weise behindert. Für einen Ausfall im schlechtesten Moment, wo ich nicht auf einen Restore warten kann, hab ich ein Zweitgerät. Der Computer könnte ja auch einen anderen Defekt erleiden, also ohne Zweitgerät gehts sowieso nicht.
	
		
	
	
		
		
			Es steht immer noch die Antwort aus, was ich genau tun muß, um die Container und logischen Laufwerke zu beseitigen.
		
		
	 
Seh ich keine, wenn du uns Fehlermeldungen zeigst von der Sache, die du eigentlich machen willst und die dir momentan verwehrt ist, dann könnten wir schauen was die Problemursache ist und wie man die beseitigt.
	
		
	
	
		
		
			dennoch sichere ich auch regelmäßig die Startpartition und kann im Falles eines Falles sehr schnell ein lauffähiges System zurück spielen.
		
		
	 
Ich steck einfach den Installer-USB-Stick an und in 20 Minuten ist ein frisches MacOS drauf, mit dem ich arbeiten kann während ein Restore von Apps und Files zB via rsync läuft.
	
		
	
	
		
		
			Ich habe meinen Benutzerordner auf einer/einem separaten Laufwerk abgelegt, so kontrolliere ich die Inhalte und kann auch regelmäßig selektiv Datensicherung betreiben
		
		
	 
Reicht es nicht im Benutzerverzeichnis einen Ordner anzulegen, in dem alle Dateien abgespeichert sind, und diesen Ordner dann mittels rsync oder einem anderen Programm deiner Wahl zu sichern? Dann ersparst du dir eine nicht unterstützte Sonderkonfig und hast eine Methode die auch mit einem aktuellen Mac kompatibel ist. Oder was ich ganz einfach mache: Den Benutzerordner selbst sichern. Dort ist alles drin inkl. Programmeinstellungen im Library-Ordner.
	
		
	
	
		
		
			Alles, was ich nicht direkt anfassen kann ist für mich gefährlich
		
		
	 
HFS+ ist auch nicht besser als APFS, du kennst es eben schon. Ein aktueller Mac mit aktuellem MacOS bootet genauso locker wie deiner trotz APFS und ich nutze das aktuelle Macbook nun seit 3 Jahren und musste noch nicht einmal was wiederherstellen. Das Teil läuft einfach. Irgendwann nach 5 Jahren geb ich es in der Familie weiter so wie das 2015er-Macbook damals, dann kann es nochmal gute 5 Jahre weiter einen guten Dienst verrichten. Zu keinem Zeitpunkt hindert mich APFS irgendwie.
Bei einem groben Problem lass ich über Nacht den Restore laufen und am nächsten Tag ist das Gerät wieder so wie es vorher war. APFS spielt dafür erst gar keine Rolle.