In MKVToolNix auf Output -> Split Mode -> after specific timestamps und dann in der Zeile folgendes eingeben:
00:45:00,01:15:00
Das teilt dir das MKV in 3 Teile indem es bei 45mins schneidet, dann nach 1h15mins. Zur Not etwas bei den Zeiten probieren. Dabei berücksichtigen, dass in der Regel nicht exakt an der Stelle geschnitten wird sondern an Keyframes.