Wenn es sich um "selbsterstellte" Dateien handelt (z.B. Office-Dokumente, Bilder), dann ist es OSX relativ egal,wo diese Dateien abgelegt werden. Anders sieht es da schon bei Dateien aus, die z.B. in den Ordner "Library" gehören. Diese sollten auch dort wieder (in die entsprechenden Unterordner) einsortiert werden (z.B. plist-Dateien, Codecs für QuickTime, usw.).
Auch bei Programmen ist es in der Regel egal, wo diese liegen. Allerdings sollte man auch da etwas Umsicht walten lassen. Wenn die Programme im Ordner "Programme" liegen, haben alle User-Accounts darauf Zugriff. Liegen sie aber im Home-Verzeichnis (oder einem Unterordner davon), hat nur der entsprechende User darauf Zugriff.
Einige (Apple-) Programme sollten generell im normalen Programme-Ordner liegen, weil sonst die Software-Aktualisierung bei diesen Programmen möglicherweise nicht mehr (richtig) funktioniert.
Gruss
der eMac_man