keine Anhnung was du machst, dass das passiert.
Mir scheint es so, dass du das gesamte Konzept von Plex nicht verstanden hast.
Plex gehört "getrennt". Der Server auf einem Gerät, der Player auf einem anderen.
Alle Medien gehören auf das Gerät mit dem Server. Alle. Nix mit externem Anstecken / Abzeihen von SSD, wenn du dich nicht auskennst.
Der Ordner einer Mediathek wird immer komplett, incl. der enthaltenen Unterordner gescannt
Der Sinn der Scanner ist es, passend zum Typ der Mediathek zu arbeiten. Wenn du dich nicht auskennst, lass, das auf der Voreinstellung.
Der Sinn von Agenten ist es, die vom Scanner gewonnen Infos mit öffentlichen Datenbank abzugleichen. Wenn du dich nicht auskennst lass die Voreinstellung.
Der Typ einer Mediathek ist wichtig: Filme sind eben Filme und keine Serien. Scanner und Agenten (und damit die abgefragten Datenbanken) sind unterschiedlich.
Fummelt man da nicht rum, dann braucht man kein eigenen Cover, da alles aus den öffentlichen Datenbanken gezogen wird.
Es ist absolut unnötig eine Mediathek zu löschen. Lese die Daten einfach erneut ein. Wenn du nicht weißt wei, lese die Doku.
ABER: zentrales Element: benenne die Dateien korrekt. Sonst wird das nie was. Filme und Serien werden unterschiedlich benannt.
Die Doku von Plex ist sehr gut. Lies die mal. Dein Vorgehen hat für mich einfach den Eindruck, dass du wirklich wild durcheinander damit rum hantierst.