@Symbiose :
Nein. Du verlinkst nur Einträge in der Zotero-Datenbank mit PDFs, Zotero übernimmt da auch keine Ordnerstruktur. Grundsätzlich existieren die Einträge (mit in deinem Fall verlinkten PDFs) unsortiert in der Library, du kannst aber in der Seitenleiste eine Verzeichnisstruktur aufbauen und die Einträge dort reinziehen (entspricht Alben bei der Fotos.app). Die Einträge bleiben unverändert in der Library und tauchen dann ein zweites mal im angelegten Ordner auf. Dort kannst Du sie auch löschen oder verschieben ohne dass das etwas am Verbleib in der Library ändert.
Das heisst für Dich, wenn Du an der vorhandenen Ordnerstruktur mit den PDFs nichts ändern willst: Ordnerstruktur in Zotero nachbauen, dort Einträge anlegen und jeweils die PDFs einzeln damit verlinken.
Mir wäre das zu aufwändig, statt dessen nutze ich Zoteros Verfahren: Dort werden in einem zentralen Dokumentenordner die Attachments jeweils einzeln in einer Zip-Datei mit recht kryptischen Dateinamen gespeichert. Vorteil: Bei Snapshots von Webseiten bleiben alle Inhalte so zusammen und das Ganze lässt ich automatisiert gut synchronisieren. Du kannst Dir jederzeit in Zotero den Speicherort der jeweiligen Dateien anzeigen lassen oder auch (bei Bedarf gesammelt) exportieren.
Das Ganze ist vergleichbar mit der Fotos.app und Alben, nur dass der Speicherort der Attachments transparenter ist. Früher gab es ein AddOn namens Zotfile mit dem die Verwaltung verlinkter Attachments leichter war. Aktuell machen das wohl zotmoov oder attanger, ich habe das aber noch nicht probiert (und auch keinen Bedarf).
Meine Empfehlung: Lass Zotero die Dateien selbstständig speichern und verwalten. Du kannst sie dann einfach ins Fenster ziehen, wenn sie bibliographische Daten enthalten findet Zotero sie von alleine. Ansonsten kann pro PDF-Eintrag ein "Parent Item' anlegen und darin die bibliographischen Daten selbst eintragen. Vorteil des Ganzen: Du kannst die Attachments geräteübergreifend synchronisieren, das ist auch bei Nutzung der iPad-App Voraussetzung...
