Du sollst ja nicht den Inhalt des Preferences Ordner leeren, sondern nur die Dateien, die sich auf den Finder beziehen, da es allerdings auch abseits der Preferences noch weitere Dateien, bzw. Orte gibt an denen zum Finder gehörige Daten angelegt werden, der Saved Application State Ordner zum Beispiel oder auch in den Cache usw. wird das, solange man nicht weiss, wo es denn hakt, ein etwas umfangreicheres Unterfangen.
Zum Rechner und dem etrecheck Bericht kann man eigentlich nur anmerken, das teil ist eh verhunzt und wenn die Info stimmt, das die SSD so lahm ist wie ausgewiesen, also defacto im Eimer(kann natürlich auch am Kabel oder Controller liegen) ist, dann könnten die Fehler auch daran liegen.
Dem Rechner/System würde ich erst einmal nicht mehr über den Weg trauen zudem auch in der Vergangenheit zusätzlich noch Schadsoftware wie CleanMyMac oder Sophos dort ihr Unwesen getrieben haben.