Habe es ausprobiert, SVG wird mit transparentem HG exportiert. Dein Pixelbild bleibt dann halt ein Pixelbild.
... und um das ganze Zielführend zu machen, würde ich eine neue Datei im richtigen Farbformat (RGB) erstellen auf transparenten HG einstellen, die PNG platzieren, skalieren und exportieren. So ist das Endergebnis gleich im richtigen Format (quadrat?) und die Transparenz ist von vorn herein eingestellt und sichtbar.