Natürlich wird da was "herumgeschoben" und verschlüsselt! Bisher waren die Bücher in der Libery unter ihren Klarnamen gespeichert ... jetzt nicht mehr.
AgentMax hat vollkommen recht, nur weil iBooks keine "sprechenden" Dateinamen verwendet (Klarname passt nicht wirklich), sind die Dateien nicht gleich verschlüsselt.
Aber egal, iBooks funktioniert ähnlich wie iTunes, soll heißen, iBooks verwaltet die eBook-Dateien selbstständig in einer eigenen Ordnerstruktur, die man möglichst nicht über den Finder ändern sollte. Der Zugriff auf die eBooks erfolgt über die Programmoberfläche. Dieses Funktionsprinzip hat Vor- und Nachteile und ähnlich wie bei iTunes gibt es Leute, die mit diesem Prinzip gut/besser zurechtkommen, und andere, die damit nicht zurechtkommen.
Gehörst du zu letzteren, würde ich mir nicht die Mühe machen und mich mit dem Programm arrangieren sondern einfach ein anderes Programm verwenden, das deinen Bedürfnissen besser entgegenkommt.
Dass der Ablageort so versteckt ist, liegt (wie bereits gesagt wurde) daran, dass iBooks in einer Sandbox läuft und so sichergestellt ist, dass Programm wirklich nur auf die Ordner lesend und schreibend zugreifen kann, in denen auch nur die eBooks (und keine anderen Dateien) zu finden sind.
Ich bin ein großer OSX-Fan ... aber wenn mir apple die Kontrolle über meine Daten entzieht, bin ich weg.
Niemand zwingt dich dazu, deine eBooks mit iBooks zu verwalten. Du kannst das auch weiterhin mit einem Programm deiner Wahl erledigen oder ganz klassisch (manche würden sagen rückständig) mit einer eigens erstellten und manuell verwalteten Ordnerstruktur tun. Ich persönlich schätze es aber ungemein bei Dateien mit vielen nützlichen Metadaten, wenn Programme die Ordnerstruktur selbst verwalten und ich Dateien über die Programmoberfläche nach Metadaten sortiert suchen/anzeigen lassen kann. Das erspart mir viel lästige Arbeit. Aber das mag bei anderen anders sein.