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Ähm, also bei mir untersucht es alle Lokalen Ordner, die in Mail eingerichtet sind. Oder was meinst du?
Wenn du mit "Ordner" die Ordner aus dem Finder meinst, bist du in Mail falsch, wenn du die durchsuchen willst. Dann kannst du Art:E-Mail in Spotlight eingeben und damit alle Emails finden bzw. das natürlich noch mit anderen Suchkriterien kombinieren.
Ansonsten weiß ich nicht so genau, was du meinst...