Bei Heise habe ich vor einigen Wochen gelesen, daß ein Thunderbolt-Anschluß ein sogenannter DFU-Anschluß ist. An den sollte man keine externen SSD hängen bzw. an dem kann man kein System installieren. DFU steht für Device Firmware Update). Dieser eine Port ist nicht gekennzeichnet. Hier kann man bei Apple die Positionen nachlesen: 
How to identify the DFU port on Mac
Ich glaube ich bin mit meinem Heise+ Abo. nicht berechtigt, den ganzen Heise-Artikel hier einzustellen, sonst würde ich es tun.
Es ist nur eine Idee von mir ohne Beweis, daß es damit etwas zu tun haben könnte.