Handbrake bekommt es nicht sauber hin, das Videoformat von eyeTV ist ein wenig eigen (nennt sich zwar mpgv für Video und mpga für audio, dennoch kein Standard)
Du kannst die Eye-TV Datei mit Rechtsklick anwählen (Paketinhalt zeigen), dort wählst Du die Datei mit der .mpg Endung (der eigentlich Film) und öffnest mit dem VLC (mit diesem lässt sie sich auch in einem anderen Format abspeichern / konvertieren) oder auch mit handbrake, in letzterem wird automatisch encodiert in mp4 (wenn eingestellt). Diese Datei lässt sich dann bearbeiten.
Wieso bei Dir der EyeTV Export nicht klappt weiß ich nicht, ich habe diese Funktion schon oft verwendet (nach dem Schneiden / Kürzen!) - ohne Probleme.