Mit avidemux hätte ich angefangen. Das ist das einzig wirklich nutzbare Tool um halbwegs genau zu schneiden ohne neu zu kodieren. Es geht zwar aus technischen Gründen nicht framegenau, aber immerhin an i-Frames.Avidemux und Videopad in der Warteschleife.
Mehr dazu hier
http://www.kswillisau.ch/mensamenu/digibag/Multimedia/Videoschnitt/Videoschnitt_Avidemux.pdf