Wie du Daten sicherst, und wie du ein System neu aufsetzt, habe ich hier beschrieben.
https://www.macuser.de/threads/neuinstallation-os-x-mountain-lion-mavericks-yosemite.713292/
Du könntest mal alle zugehörigen *.plist-Dateien löschen, von den Diensten, mit denen du Probleme hast.
Du könntest iCloud mal testweise deaktivieren.
Du könntest mal einen zweiten Benutzer anlegen und beobachten, ob diese Phänomene auch unter dem auftreten.
Du könntest deine Systeme mal neu aufsetzen und ein sauberes OS behalten - so lange es möglich ist. Dann der Reihe nach deine Programme installieren und das Verhalten beobachten.
Zum WLAN-Problem kann ich nichts sagen. Ich habe hier auch ein MBPr, MBP, iPhone 6, iPhone 6 Plus, Airport Extreme, Airport TimeCapsule - funktioniert alles.
Zum Durcheinander der Fotos. Du beziehst dich auf iOS oder iPhoto generell? Am iPhone wurde mit iOS 8 der Camera Roll eingestellt und kehrte mit 8.1 wieder zurück. Vielleicht liegt hier das Problem? Ansonsten kommt im Frühjahr der Nachfolger von iPhoto/Aperture. Vielleicht ist das eine Alternative für dich?
Die Benachrichtigungen kann man ja einstellen, dass sie als Hinweise kurz eingeblendet werden und dann automatisch wieder verschwinden. Das musst du in den Mitteilungen umstellen von Hinweise auf Banner. Hinweise bleiben nämlich am Display bis eine Aktion ausgeführt wird.
Zur Autokorrektur sage ich nichts. Benutze ich nicht.
Zur iCloud/iCloud Drive sage ich nichts. Benutze ich nicht.
Erweiterungen mal deinstallieren, Safari mal zurücksetzen, *.plist mal löschen, dann weiter sehen.
Zum "Nicht Stören-Modus" kann ich nichts negatives sagen. Funktioniert bei mir.
Du könntest deine iOS mal direkt über iTunes laden und installieren und nicht per OTA. Das wirkt oft Wunder.
Und vor Allem keinen Mist wie Säuberungsprogramme, Optimierer usw. verwenden. Ich habe dazu zwar wenig im Etrecheck-File gefunden aber du sagtest, dass du welche benutzt(est).
Und es ist noch etwas vorhanden:
[loaded] com.bresink.system.securityagent3a.plist [Support]
Das kann, muss aber nicht, einiges/vieles im System verändern.
Und deine Erweiterungen mal auf Yosemite-Fähigkeit überprüfen.
Spontan fällt mir Flip4Mac ein. Ist das noch aktuell? Das wurde mit Flip4irgendetwas zusammengelegt...
Elgato ist das noch aktuell? Brauchst du das noch?
JavaAppletPlugin: Version: 15.0.0 - SDK 10.10 Check version!!!
Silverlight: Version: 5.1.30514.0 - SDK 10.6 [Support]