Wenn es Unklarheiten gibt, entstehen Kopien oder Unterverzeichnisse mit dem Namen des Programms und der angehängten Bezeichnung "vom alten Mac". Da kannst Du dir dann überlegen, was Du nutzen willst. User werden generell nicht überschrieben und können nicht migriert werden, wenn auf dem neuen System bereits gleichnamige Benutzer existieren - die müssen dann erst vollständig gelöscht werden.
Es werden grundsätzlich keine Systemdateien (Bootloader usw.) kopiert, so dass ein 10.6.0-System nach dem Migrieren von einem 10.6.5-Backup immer noch auf dem Stand 10.6.0 ist. Systemupdates müssen also getrennt ausgeführt werden. Hingegen werden Spezialtreiber (Kernelerweiterungen, kexts) z.B. für UMTS-Sticks migriert und funktionieren dann auch wieder.
Manche Programme laufen nach dem Migrieren nicht, weil sie ihre Registrierungsinfos aus der MAC-Adresse des Rechners generieren; da ist dann eine Neuregistrierung nötig.
Generell: Der Assistent ist so gut, dass Selbermachen in jedem Fall die schlechtere Variante ist. Es empfiehlt sich trotzdem, nach der x-ten Migration über mehrere Rechnergenerationen hinweg, einmal das System neu aufzusetzen. Ich hatte hier kürzlich einen mac mini (mid 2009), auf dem noch Reste eines PPC-mini aus 2005 zu finden waren. Das ist dann nicht mehr so toll.