Kommt auch drauf an, um was für PopUps es sich handelt. Die neueren Flash-Animationen, die über der eigentlichen Seite liegen, werden nicht als PopUp erkannt und daher auch nicht vom PopUp-Blocker blockiert. Dieses Problem wirst Du aber wohl mit allen Browsern haben.
Um welche Seiten handelt es sich denn??? Dann könnte man schauen, was dort verwendet wird.
Viele Grüße
emaerix