Beim Rechte reparieren schaut sich das Festplattendienstprogramm bestimmte Dateien in den Receipts an. Gilt allerdings ausschliesslich für installierte Applesoftware. In diesen Dateien sind die standardgerechten Rechte verzeichnet und werden mit den aktuellen abgeglichen (und gegebenenfalls repariert).
Warum genau sich Rechte manchmal "verstellen" kann ich dir leider nicht sagen. Eine Ursache sind schlecht programmierte Installer von Drittanbietern, die beim installieren der eigenen Software auch andere Dateien ändern. Aber da gibt es sicherlich noch andere Gründe für, die ich nicht kenne.