In welcher Form hast Du Aperture ursprünglich gekauft, im App Store oder auf DVD?
Wenn App Store, dann soll eine vollständige Entfernung und Neuinstallation von Aperture helfen. Ein reines Update scheint i.d.R. nicht zu funktionieren. Habe es selbst nicht ausprobiert.
Wenn DVD, dann bleibt Dir nur der Umweg über den Apple Support. Du hast ja einen legalen Lizenzschlüssel für Aperture. Sollte also kein Problem für den Support sein, Dir das aktuelle Aperture 3.6 im App Store freizuschalten.