Das ist schon sehr lange so, ich kenne das leider auch nicht anders. Das ganze wäre aber ein viel geringeres Problem, wenn Mac OS während des Anfahrens der Platte nicht warten würde. So bekommt man in diesem Fall immer für 1 bis 2 Sekunden den Beachball zu sehen.
Früher war dies auch bei Netzlaufwerken der Fall, da war es ganz schlimm. Hat man vergessen ein Netzlaufwerk zu trennen und war dieses nicht mehr verfügbar, beispielsweise weil man den Standort und damit die Netzwerkumgebung gewechselt hat, verbrachte der Mac 1 oder 2 Minuten mit der Suche nach dem vermissten Netzlaufwerk. Bis er dann endlich das Trennen des Laufwerks empfahl, konnte man garnichts am Mac machen.
Seit Snow Leopard (oder schon Leopard?) passiert das nicht mehr, da läuft die Suche im Hintergrund. Bei USB Laufwerken ist das aber immer noch der Fall, was leider sehr nerven kann.
Das er das Laufwerk in diesem Fall sucht, lässt sich technisch vermutlich nicht vermeiden. Er kann ja kaum hellsehen wo er welche Dateien findet und was der Nutzer in dem Dialog eigentlich sucht. Ist das externe Laufwerk verbunden, gehört es zum Dateisystem und wird beim Aufruf des Dateisystems dem Nutzer auch zur Verfügung gestellt. Nur sollte das ganze ohne Wartezeit im Hintergrund geschehen.
Und jetzt kommt nicht mit der Lebensdauer der Festplatte oder ähnlichem. Es ist heute einfach Standard, dass Festplatten ständig in den Ruhezustand versetzt werden, um Energie zu sparen. Das muss eine Festplatte einfach abkönnen.