Die farbigen Flaggen werden via IMAP KEYORDS auf dem IMAP gespeichert. Das setzt allerdings vorraus, daß der IMAP-Server Custom-Keywords erlaubt. Exchange (zumindest nicht via IMAP, via Exchange-Protokoll weiß ich es nicht) und Kerio(?) gehören zu denen, die keine Custom-Keywords zulassen. Apple Mail wird dann vermutlich bei dem Versuch die Flagfarbe zu setzen vom Server einen Fehler bekommen und die dann nur die normale Flagge setzen. Die Flagenfarbe dürfte dann also nur in der Datenbank von Apple Mail existieren. Das könnte z.B. ein Problem sein, wenn man Mail neu aufsetzen muß. Dann müssten die Farben weg sein und man hat nur noch die normale schwarze Flagge.
Wenn du also auf beiden Rechnern Apple Mail verwendest (oder ein anderer Client, der die Apple Mail Farben erkennt) und die Farben nur auf dem Rechner erscheinen, wo sie gesetzt wurden, würde ich mal schauen, was für einen IMAP-Server dein Anbieter verwendet.
Flagfarben werden auf dem Server übrigens als ein 3-Bit-Wert abgelegt: $MailFlagBit0, $MailFlagBit1, $MailFlagBit2 –macht 8 mögliche Farben (000 bis 111). Zusätzlich wird zu einer Farbe auch immer das normale Flag "\Flagged" gesetzt.
Manche Mail-Clients (z.B. MailMate) können einem die Raw-Flags, also die tatsächlich vorhandenen IMAP KEYWORDs anzeigen. Damit könntest du überprüfen, ob die Bits auf den Server geschrieben wurden.