Wie nahezu alles bei Apple werden auch die iWeb Seiten zentral in einem Datenbank-Kern verwaltet. Wie schon oben vom Kollegen eMac_man aufs Trefflichste beschrieben ist der als Datei erkennbar mit dem Titel "Domain". Wenn Du hierauf mit der rechten Maustaste klickst und dann "Paketinhalt öffnen" tätigst, werden Dir die eigentlichen Inhalte gezeigt, es offenbart sich die Webseitenstruktur mit CSS, html und so weiter.
Das alles erzeugt und verwaltet iWeb. Wenn Du manuell einen Teil änderst oder gar verschiebst, oder dat janze verschiebst, wird iWeb nicht mehr fündig. Umgekehrt wenn Du eine alte Datei gleichen Namens dorthin setzt dann erscheint sie in iWeb als Deine Site - von iWeb organisierter Inhalt vorausgesetzt.