Auf dem Mac gibt es zwar eine Datenbank mit den Einträgen/Tags etc., aber die Dokumente selbst liegen in einem Paket und darin in normalen Ordnern (ich hoffe, Du kannst mit dem Begriff Paket etwas anfangen, daher führe ich das hier nicht weiter aus).
Das macht es im übrigen auch möglich, zum Beispiel „letzte Dokumente“ in anderen Applikationen zu nutzen, auch wenn das Dokument in Devonthink liegt.
(Es gibt von DT übrigens auch eine Serverversion mit Webinterface).
Aus Devonthink kannst Du Dokumente jederzeit exportieren, dann erhalten Sie auch Attribute wie zum Beispiel die TAGs, die Du vorher in Devonthink gesetzt hast, als ganz normale Finder-Attribute. Es sind dann im Resultat ganz normale Dokumente, die irgendwo im Finder liegen.
Devonthink kann übrigens auch Ordner indizieren, dann kannst Du grundsätzlich auch eine eigene Ordnerstruktur beibehalten.