Ich nehme an, das Missverstaendnis beruht auf einer bestimmten Ansicht ueber "Programme".
Lilypond macht aus deiner Eingabe, die einer bestimmten Syntax entsprechen muss, eine schoene Druckdatei (DVI, PS, Tex, ...)
Natuerlich wandelt Lilypond um.
Das machen alle Notensatzprogramme.
Aus deiner Eingabe erstellen sie eine Ausgabe.
Nur, dass du in diesem Fall die Eingabe in einer Textdatei lieferst, anstatt sie zusammenzuklicken.
Im Uebrigen wurde bei mir (unter Linux) das Programm midi2ly automatisch mitinstalliert, mit dem sich die Konvertierungen durchfuehren lassen sollten.