Möglicherweise ändert dieses Programm Einstellungen des Finders oder des Schreibtisch direkt, dann stehen diese Änderungen nicht in Dateien, die zu DT gehören, sondern in den Finder- oder Schreibtischeinstellungsdateien.
Um das zu korrigieren, solltest du das Programm am besten nochmal installieren, dann alles einstellen wie gewünscht und dann das Programm nach Herstellerangabe entfernen.
Etliche dieser Hilfsprogramme sind nur vereinfachende Oberflächen für Systembefehle oder andere Programme. Im Notfall kann man die Einstellungen dann auch per Terminal anpassen, aber ich denke, der andere Weg ist nicht nur der einfachere sondern auch der sicherere - das Terminal verzeiht keine Fehler, auch keine Tippfehler.