nein, müssen die nicht.
dafür gibt man ja die pfade zu den dateien mit an, statt nur den dateinamen.
und ja, solange du die zeile nicht beendest, landet alles auf der gleichen zeile.
ich frage mich gerade nach deinem workflow, wozu nutzt du die extrahierte datei?
packst du die dann in ein andere video datei?
das kombinieren verschiedener dateien kann man doch bequemer machen …
schon mit mkvtoolnix selbst oder mit remux …