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Entweder hast du es bei den Startobjekten (Systemeinstellungen / Benutzer / Startobjekte) oder du musst es nur in den Skype Einstellungen (General) deaktivieren.
Skype fragt doch bei der Installation, ob es sich per Autostart starten lassen soll. Ich denke in den Skype-Einstellungen wird da was zu finden sein, genau wie der vorposter geschrieben hat.
... in den generellen Prefs von Skype kann man auswaehlen ob das beim Starten gestartet werden soll. Da ich leider nur die englische Version habe, kann ich Dir nicht genau sagen wo das bei der deutschen Version der Fall ist; laesst sich aber definieren.