Im Prinzip hat Lynhirr Recht, allerdings kann es tatsächlich von Vorteil sein, wenn man den Großteil seiner Daten 'extern' verwaltet. Du solltest in der Tat die, durch das System erzeugten, Verzeichnisse weder löschen noch umbenennen, da gerade bei Updates auf genau diese Verzeichnisse zurückgegriffen werden kann. Genauso solltest du die Verzeichnishierachien beibehalten. Allerdings ist es dir natürlich überlassen, deine Dokumente, Photos oder Audiodaten auf anderen Partitionen oder Volumes zu verwalten. Ich habe z.B. meine iTunes und iPhoto-Libraries mit einer Aliasverwaltung organisiert. Die Libraries liegen auf der Datenpartition und sind mit einem Alias zum ursprünglichen Ort verlinkt. Das hat den Vorteil, dass ich auch ohne an den Zugriffsberechtigungen rumzuschrauben, von anderen Usern aus Zugriff habe, desweiteren haue ich mir nicht meine Startpartition zu. Wenn du dann noch ein Tool wie DefaultFolder einsetzt, brauchst du dich auch nicht mehr durch die ganzen Plattenstrukturen wühlen, bis du dich in dein Wunschverzeichnis navigiert hast.
Der abgeschlossene Userbereich inklusive Dokumente, etc, Ordner macht durchaus Sinn, vor allem, wenn mehrere Personen an dem Rechner arbeiten. Es gehört, denke ich, schlichtweg zum Sicherheitskonzept. Als alleiniger Nutzer kann man das natürlich knicken.