Also, Home und Programme solltest du besser nicht löschen. Ebenso die glücklicherweise versteckten weiteren Verzeichnisse auf der obersten Ebene.
Die Verzeichnisse innerhalb deines Home-Verzeichnisses, also Dokumente, Filme et cetera, sind eigentlich deine Privatangelegenheit, da spricht erst mal nichts dagegen, daß man sie löschen könnte, du hast ja auch die Rechte dazu.
Allerdings kann es natürlich sein, daß es Programme gibt, die sich an die Apple-Konventionen halten und nicht (ohne weiteres) ändern lassen. Dann könnte es Probleme geben.
Warum willst du sie eigentlich löschen? Du kannst doch problemlos zusätzliche Ordner anlegen, du kannst deine Dateien speichern, woimmer du magst, außerhalb des Homeordnerns natürlich mit gewissen Sicherheitseinschränkungen.