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Weil du sie ja vor deinem Clean Install mit der neuen Funktion "Desktop & Ordner syncen" in die Cloud gelegt hast. Eigentlich logisch... oder?
Da es ja diese Funktion vor Sierra nicht gab, konnte man Pages und Numbers Dateien eben in eigene Ordner in der Cloud speichern, sofern man das aktiviert hat, was ja nur SINNVOLL ist, wenn man zwei oder meherer Mac's damit syncen will. davon abgesehen will auch nicht jeder diese neue Funktion "Desktop & Ordner syncen" aktivieren, weil noch zu unausgereift und nicht wirklich sicher vor Datenverlust.