Ja, das ist eine Glaubensfrage. Das 100-400 L IS ist am oberen Ende sicher "weicher" als das 400/5,6. Das ist technisch nicht anders möglich, weil durch den IS bewegte Linsengruppen verbaut werden und das Zoom außerdem auf einen weiteren Brennweitenbereich gerechnet sein muß, wo es überall gute Leistungen bringen soll. Canon weiß das natürlich auch, vertritt aber die Meinung, dass der IS so viel an Mehrwert bringt, dass diese Einbuße hingenommen wird.
Ich mache auch viel Naturfotografie und würde aus meinen Erfahrungen heraus das Zoom wählen. Warum? Es ist leicht, es ist sehr flexibel einsetzbar (von 100-400mm Brennweite) und es hat einen IS. Folgende Situation aus der Praxis: du stehst an einem See und z. B. ein Graureiher fliegt auf dich zu und über dich hinweg. Mit dem 400/5,6 hast du nur einen sehr engen Bereich, in dem du das Motiv überhaupt sinnvoll abbilden kannst, den Rest mußt du croppen oder Detailaufnahmen verwenden. Mit dem 100-400 kannst du dagegen dynamisch anpassen beim Fotografieren und hast eine Fülle von möglichen und spannenden Motiven. Diese weisen vielleicht nicht letzten 8% Schärfe und Brillianz auf wie die Fotos mit einem 400/5,6, aber bis A4 oder A3 Ausdrucken ist das bei einem guten und vernünftig eingerichteten Workflow in Photoshop quasi nicht zu sehen!
Du solltest dir überlegen, in welchen bevorzugten Situationen du dich vorwiegend befinden wirst: im Gebirge für Steinbock-Fotografie wähle das 400/5,6, für Flugaufnahmen von Vögeln wirst du mit einer Festbrennweite nicht glücklich werden. Ich setze auch Tele-Festbrennweiten ein, aber das 100-400 ist immer als zweites Objektiv mit dabei. Das 70-200/2,8 bleibt eigentlich immer zu Hause bzw. wird für ganz andere Zwecke eingesetzt.