Tach!
Eine Textverarbeitung, die alles beinhaltet was du verlangst, ist MS Word 2008. Besonders Diagramme und die grafische Darstellung hierarchischer Strukturen sind eine Stärke von Word. Ich persönlich würde allerdings keine 500 Seiten mit einer komplexen Dokumentenstruktur in Word schreiben. Nicht umsonst hat dein Bekannter für jedes Kapitel ein eigenes Word-Dolument erstellt. Außerdem hat Word ein gewisses Eigenleben. Dinge, die eben noch funktioniert haben, funktionieren plötzlich nicht mehr oder es kommt zu nicht reproduzierbaren Programmabstürzen.
Die Textverarbeitungsmodule von OpenOffice bzw. NeoOffice enthalten ebenso alle von dir benötigten Funktionen und sind zudem kostenlos (allerdings genauso unübersichtlich wie Word). Allerdings hat Word in Bezug auf Diagramme/Organigramme mehr zu bieten. Auch bei diesen Programmen gilt: Bei langen und komplexen Textdokumenten ist Vorsicht angebracht.
Alternativen zu obigen Programmen wären das von dir bereits erwähnte Mellel (ist nicht annähernd so unübersichtlich wie Word). Diagramme müssen hier allerdings mit einem externen Programm erstellt werden. Die Stärken von Mellel liegen im Bereich Typografie.
http://www.mellel.de/
Weiterhin Papyrus. Kann alles was du verlangst bis auf Diagramme. Enthält dafür aber den Duden-Korrektor für Rechtschreib- und Grammatikkorrektur und ist auch bei langen Dokumenten sehr schnell.
http://www.papyrus.de/
Zu guter letzt noch Nisus Writer Pro. Kann auch keine Diagramme dafür aber Zeilennummern. Beinhaltet ansonsten auch alle Funktionen, die du benötigst.
http://nisus.com/
Pages ist für deine Zwecke eher ungeeignet (kein Stichwortverzeichnis). Wird bei langen Textdokumenten langsam.
Von allen Programmen gibt es Demos. OpenOffice und NeoOffice sind sogar kostenlos.