Ist Afloat aktiv?
Hast du in Programmen geschaut, die nach der Installation gestartet wurden? (eventuell man Neustart)
Und ich glaube es klappt nur in Cocoa Programmen...
Aktiviere doch nochmal das Häkchen, mach' Reset und schau dann, ob es in Safari unter Menu-Fenster-Keep Afloat gibt.
Ansonsten wüsste ich jetzt nicht, was schiefgelaufen sein könnte, hast du mal auf der Herstellerseite geguckt?