Jetzt glaube mir ruhig wenn ich Dir versichere dass Nikons Software Capture NX eine NEF-Datei öffnen, bearbeiten und wieder als (dann verändertes) NEF speichern kann.
Ohne Metafiles.
Ich finde das ist gefährlich und ein bescheuerter Ansatz, aber es gibt viele User, die das mit Begeisterung benutzen.
Dann bettet Capture NX die Metafiles eben in das RAW ein. Sobald du es mit einem anderen Programm öffnest, wird alles bis auf "drehen" verworfen. Sonst könnte man in Capture NX auch nicht zum den Originalzustand zurückkehren.