aaaalso, vielleicht fragst Du nochmal jemanden, der sich mit sowas besser auskennt...aber prinzipiell...wie Du die programme installierst ist eigentlich egal. das X11 ermoeglicht Dir, x-anwendungen auf Deiner kiste darzustellen. entweder anwendungen die direkt auf Deiner kiste laufen, oder solche, die von anderen rechnern auf Deiner kiste dargestellt werden sollen (xemacs, xclock etc...)
das einstellungen bleiben nicht per se erhalten. wenn Du die bash benutzt, lassen sich solche am besten in der .bashrc oder .bash_profile unterbringen, dann werden die einstellungen (wie z. bsp. aliase) beim terminalstart geladen..