Wenn möglich bzw. unterstützt, würde ich die Festplatten selbst verschlüsseln und nicht verschlüsselte Volumes auf den nicht verschlüsselten Festplatten anlegen.
Zur Sicherung musst du zB eine externe Festplatte anhängen (natürlich auch verschlüsselt) und dann (nach Eingabe des Passworts und Zugriff auf die Daten) deine Dateien vom NAS auf die externe kopieren. So wie du es also schon vermutet hast.
Schau erstmal, ob du die Festplatten komplett verschlüsseln kannst. Ich hoffe, dass QNAP Infos dazu hat, habe nämlich selbst nie QNAP verwendet. Dazu musst du sie wie gesagt neu formatieren.
Ein Problem hast du jetzt noch: Falls du nicht mehr entschlüsseln kannst, zB das Passwort nicht mehr kennst (wenn man das nur alle paar Monate am NAS mal entsperrt, kann man sich beim Erinnern schon schwertun), sind deine Daten weg und vielleicht auch noch das ebenfalls verschlüsselte Backup.
Da gibt es jetzt ein paar best practices, zum Beispiel könntest du nicht mit einem Passwort verschlüsseln, sondern mit einer Schlüsseldatei. Da hast du dann am Schlüsselbund einen kleinen USB-Stick angehängt und auf dem ist die Schlüsseldatei gespeichert. Steckst du den USB-Stick an das NAS an, kommst du wieder an deine Daten (der Stick muss nur zur Entsperrung stecken, nicht jedoch permanent).
Damit du geschützt bist, falls jemand USB-Stick und NAS mitgehen lässt, kannst du noch ein eher simples Passwort für den USB-Stick vergeben. Stiehlt jemand beides, muss er dieses Passwort erst herausfinden. Stiehlt jemand nur das NAS, kann er nicht zugreifen, weil Schlüsseldateien (anders als Passwörter) nicht "crackbar" sind.
Dadurch ergeben sich natürlich weitere Dinge, zB dass du die Schlüsseldatei auch bei Freunden irgendwo in Form eines USB-Sticks ablegst, falls dir deiner verloren geht.
Zuletzt solltest du noch ein Notfall-Backup mit komplett anderen Technologien haben. Das heißt, einmal sicherst du von einem Mac aus auf eine externe Platte, die du mit Filevault vom Mac verschlüsselst. Geht irgendwas mit dem NAS schief und alle Daten sind im verschlüsselten Nirvana, hast du ein Backup das mit ganz anderen Programmen und Tools angelegt wurde und kommst doch noch an die Daten.
Das ist ganz wichtig, weil ich das immer wieder sehe, dass erstmal schnell alles verschlüsselt wird und danach merkt man, dass man nicht mehr an die Daten kommt. Weil aber auch das Backup verschlüsselt ist, sind alle Daten weg, null Chance mehr. Da musst du echt aufpassen und das langsam angehen.