du definierst im <head>er eine js-funktion die du dann im onload-tag des body aufrufst, nachdem du serverseitig festgestellt hast, dass es die datei bereits gibt ...
die funktion könnte in etwa so aussehen:
<script language="javascript">
function fehler(was) {
window.alert(was);
}
</script>
<body ... onload="fehler('die datei ist bereits vorhanden ... whatever');">
ist aber guter programmierstil dich nicht darauf zu verlassen, dass der user activescripting aktiviert hat, weshalb solche fehlermeldungen besser ohne alerts auskommen bzw. direkt in der ausgabe der seite aufgeführt werden sollten ...