Vielleicht spinnen die Einstellungen von Spotlight ein bisschen, öffne mal die Spotlight Einstellungen und füge deine Macintosh HD mal zu den nicht zu indizierenden Laufwerken (die Bootcamp Partition, falls vorhanden, am besten auch gleich) hinzu. Entfern dann die Macintosh HD wieder und lass Spotlight neu indizieren.
Vielleicht hilft das.