Apple hat die Library ja aus gutem Grund versteckt. Prozesse bzw. Apps dürfen dort bspw. Caches anlegen oder Daten unterbringen, die der User besser nicht anfassen sollte. Manchmal bleiben aus Abstürzen solche Verzeichnisse und Dateien stehen, dann geht ein wenig Plattenplatz verloren, aber so what. Ich rate eher dazu, solche Verzeichnisse zu ertragen, solange sie nicht unter "Documents" oder anderen sichtbaren Ordnern auftauchen. Anti-Malware ist natürlich eine nette Idee, aber in fast 100% aller Fälle ergebnislos.
Ein Backup ist natürlich hilfreich, aber ob jetzt beim TE tatsächlich wirklich alles funktioniert, weiß er erst, wenn er mal wieder eine Weile mit allen Programmen gearbeitet hat. Ansonsten: alles lieber lassen, wie es ist, sofern alles rund läuft und diese Ordner nicht gerade gigantisch groß sind.