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Du meinst in FLV um es in ein Flash einzubinden oder von einem Flash Video Player abspielen zu lassen?
Da gibts ffmpegX
Wandelt zwischen vielen Formatem um, unter anderem auch in und von Flash Video (FLV)
Wenn du direkt eine Flash Datei (SWF) erstellen willst musst du wohl erst eine Flash Video Datei (FLV) erstellen und dann im Flash einfügen, da gibts einen eigenen ActionScript Befehl in der Liste. Du kannst aber auch einen fertigen Flash Video Player nehmen, da gibts genügend kostenlos im Internet.