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Im Prinzip sollte ein Programm mit dem löschen des .app Ordners fast komplett entfernt sein. Einzeln gespeichert werden üblicherweise nur die Einstellungen in .plist Dateien, die man aber leicht mit Spotlight finden kann. Diese belegen aber kaum Platz und bremsen OSX auch nicht - eine registry wie bei Win gibt es zum Glück ja nicht
Natürlich gibt es auch Programme (z.B. Acrobat Professional), die noch allerlei Kram als plugins etc. auf der HD verteilen, aber auch die findet man über Spotlight (Beim Acrobat löscht man diesen Müll am besten sofort nach der Installation ).