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Falls du ein TimeMachine Backup erstellt hast kannst du einzelne Ordner darüber wiederherstellen. Eventuell funktioniert auch die Kombination CMD + Z falls es gerade eben erst passiert ist und du Mails noch offen hast. Bin mir aber nicht sicher ob im Mails die Rückgängig-Funktion vorgehen ist.
Über welchen Provider läuft denn das Postfach? Eventuell hast du dort in der Weboberfläche die Möglichkeit gelöschte Ordner wiederherzustellen, dann sollten die danach auch in Apple Mail wieder auftauchen.