Aufwändig heißt im Fall von "Protokollierung", dass man mit Time Machine arbeiten muss und selbstverständlich mit unterschiedlichen Ständen oder Datumsgrenzen der einzelnen Backups. Und einen wieder hergestellten Komplettbestand der Notizen.app muss man selbstverständlich irgendwo extern, abseits von TM sichern, um nicht völlig den Überblick zu verlieren bzw. nicht Gefahr zu laufen, dass das immer wieder unbeabsichtigt oder vorschnell erneut überschrieben wird. Und selbstverständlich muss bei solchen Operationen die iCloud deaktiviert sein.
Das ist aufwändig, so viel kann ich dir schon sagen. Es lässt sich ja keine Notiz öffnen bzw. keine Vorschau einer einzelnen Notiz betrachten, die man wieder herstellen möchte. Das heißt, man muss Änderungen einer Notiz eventuell gut aus dem Gedächtnis heraus rekonstruieren können oder man rät halt auf Verdacht, wann etwa eine umfangreichere Änderung vorgenommen worden sein könnte.
Man kann die unterschiedlichen "Libraries" der Notizen.app aus dem Backup auch in einer Art Ordnerstruktur speichern, das würde ich sogar explizit befürworten und empfehlen, wenn man sich eine Art Versionierung der Notizen wünscht. Also, wenn das gewünscht ist, heißt das ackern und büffeln. So eine Art Archiv habe ich auch.
Aus den einzelnen Backups der Notizen.app kann man zB in einem Text Edit-Dokument im jeweiligen Ordner des zugehörigen Komplettbackups der Notizen.app ja zB die Änderungen jeweiliger Notizen notieren. Aus diesem Backup der Notizen.app heraus kann man dann die jeweilige Notiz erneut und unabhängig von der allerneuesten Version abspeichern, mit einer Zahl versehen und man hat eine Chronologie. Wenn gewünscht, sogar mit dem Ursprungsdatum, wenn man sich die Mühe macht, auch die Uhrzeit immer umzustellen.