Das kann man nur sehr schwer feststellen ...
Es reicht manchmal schon wenn man etwas von einem entfernten Volume im eigenen Papierkorb leeren will (also im Finder)
Dann bleiben dort im .Trash einige Daten liegen die unsichtbar sind so wie .DS_Store vielleicht. Solange die in dem Fall noch nicht wirklich weg sind, werden sie eben vom Programm noch benutzt. Oder der Löschvorgang konnte nicht korrekt abgeschlossen werden.
Oder ein Programm wurde nicht ordnungsgemäß vom System beendet. Es ist zwar optisch aus, aber im Hintergrund crasht es noch umher und streitet sich mit dem System ob es abstürzen soll oder wieder anlaufen. Und solche Sachen spielen sich meist im virtuellen Speicher ab an den man so eh nicht heran kommt. Der wird eben erst nach einem Neustart des Systems gelöscht.
Was das nun genau bei dir ist, kann man schlecht sagen. Du könntest mal die Zugriffsrechte überprüfen lassen, die Hard-Disk auch mal gleich und die Preferences einiger Programme löschen die sich eventuell nicht korrekt beenden lassen.
Vielleicht hast du Glück und die Sache tritt danach nie wieder auf.
Ansonsten mal ein Clean-Install des Systems durchführen wobei du alte Librarys und Preferences überhaupt nicht mehr verwendest, sondern strikt nur die verwendest die das Programm neu anlegt beim ersten Start.
Das kostet dich zwar einige Zeit und Nerven um die ganzen Einstellungen zu treffen, aber so ist das wenn man ein gängiges System haben will.
Ich glaube da mußte nicht nur ich durch, sondern viele andere auch ...