iTunes spielt alle Formate über Quicktime ab.
Zitat aus dem anderen Post.
"MPEG 1 oder 2?
1 sollte eigentlich gehen, für 2 brauchst perian (frei) oder das mpeg2 quicktime ding von apple (kostet)..."
Sonst nimm ffmpeg bzw. MPEG-Streamclip zum Konvertieren.
Damit erstellst Du dann Quicktime-mov bzw. MPEG4-H264-Files.