Puh, ein wenig mehr Info wär' schon Spitze.
Ich nutze auch CS3 und CS4 parallel und habe JavaScript im Einsatz, bisher ohne Probleme: Skripten, die unter CS3 liefen, tun es auch mit CS4. Müssen natürlich im richtigen Ordner liegen, das ist alles.
Sind sie vielleicht noch komprimiert oder tragen das falsche Suffix?