Leider ist das historisch gewachsen. Zu Beginn wurde über iTunes nur Musik verkauft. Später kamen dann auch Hörbucher dazu. Damals ging das alles über iTunes auf den iPod, was kein so großes Problem war da der iPod sowieso nur Audio abspielen konnte. Es wurde also ganz einfach zur Musik hinzugefügt.
Dann kam das iPhone, das ganz bewusst wie der erfolgreiche iPod funktionieren sollten, also ergänzte man die anderen Inhalte in iTunes.
Erst mit dem iPad kamen die eBooks dazu. Natürlich wäre es logischer und sinnvoller die Hörbücher und eBooks gemeinsam unter iBooks zu sortieren, oder auch am Mac neben iTunes ein weiteres Programm dafür zu haben. Aber dann gäbe es eben das Problem, dass all die Leute die schon Hörbücher etc. haben, diese nicht mehr dort finden wo sie es gewohnt sind.
Und wenn du dich mal damit auseinandersetzt wie Menschen ihre Geräte/Computer bedienen (vor allem nicht sehr technik-affine Nutzer, was wohl der größte Teil von Apples Kunden ausmachen dürfte), weißt du wie kritisch es für diese Leute ist wenn gewohnte Dinge auf einmal ganz woanders zu finden sind. Das bekommt neben Apple auch Microsoft oft mit heftiger Kritik zu spüren, wenn sie mal Dinge umsortieren und anders anordnen.
Deshalb bleiben die Dinge meist einfach dort wo sie zu Beginn mal waren und neue Dinge werden dann irgendwo anders "angeheftet". Mit der Zeit macht es dann keinen Sinn mehr und die Dinge bleiben dann sehr lange so wie sie sind. Aber der Mensch ist eben ein Gewohnheitstier, daran müssen wir uns wohl auch "gewöhnen"
Du solltest mal alleine in diesem Forum suchen wie viele Leute den Mac App Store zu Beginn nicht gefunden haben, da sie diesen wie den iPhone App Store in iTunes gesucht haben. Und das obwohl Apple den Mac App Store sehr prominent im Dock platzierte. Aber es war eben eine eigene App, während die Leute bisher gewohnt waren den App Store in iTunes zu finden. Es waren nicht sehr wenige, die den Mac App Store dann nicht gefunden haben. Für die war es eben unlogisch die Mac Apps nicht dort zu finden wo sie auch bisher alle Apps für das iPhone gefunden haben.
Jetzt ist der Mac App Store dort wo er ist und wird sicher sehr lange dort bleiben, selbst wenn es irgendwann mal logischer erscheinen sollte ihn mit irgendwas zu kombinieren oder ähnliches. Die Leute gewöhnen sich einfach daran und es ist sehr schwer das wieder zu ändern ohne groß Schelte zu beziehen. Schau doch mal wie viel negative Dinge Microsoft immer zu hören bekommt wenn sie in Windows oder Office gewohnte Dinge verändern... das ist einfach so. Apple ist beim Umwerfen gewohnter Dinge zwar etwas schmerzfreier, aber mit dem großen Erfolg des iPhone werden auch die etwas konservativer agieren.
Deswegen werden wir uns wohl damit abfinden, dass iTunes sehr unübersichtlich bleibt, bis es irgendwann mal etwas ganz neues gibt. Aber falls irgendwann der Mac ganz von iOS Geräten abgelöst wird, wird mit diesem auch iTunes (die Mac App, nicht der Store an sich) verschwinden. Und auf den iOS Geräten haben wir für Musik, Filme, App Store und iBooks separate Apps, das ist dann das neue Ökosystem. (aber schon mit der ersten Ausnahme, die Hörbücher sind unter "Musik", weil sie da eben schon immer waren
)