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Das stelle ich mir rein technisch ein wenig schwierig vor, das spotlight ja nur auf Datei-Ebene indizieren kann. Einen Treffer irgendwo in der FM-Datenbank bzw. irgendwo in der Tabelle "x" - hilft das weiter?
Nein, Spotlight kann nicht in FileMaker Tabellen reinschauen - und wird es wohl auch vermutlich nie können, selbst wenn die Datenbank nicht passwortgeschützt ist.
Wenn es darum geht bestimmte Daten unbedingt per Spotlight zu finden, dann hilft nur das (automatisierte) Exportieren der Datenbanken in einem von Spotlight indizierbaren Format (tab-Text, CSV, PDF, XML, etc.).