Wenn Du die Mails per Regel in die einzelnen Ordner ablegst, wandern sie allerdings direkt dorthin, ohne im "Eingang" zu landen. Entsprechend bekommst Du im Dock-Icon auch keine Zahl der eingegangenen Mails angezeigt (zumindest standardmäßig, da gibt's aber wohl ein Tool, dass sowas möglich macht).
Also wenn Dir wichtig ist, dass alle oder bestimmte Mails zunächst im Eingang auftauchen, würde ich dafür keine Regel erstellen.
Ich handhabe es so, dass die Einfärbung mir eine erste Orientierung gibt, ob's ne geschäftliche oder private Mail ist; mir persönlich ist es aber wichtig, jede Mail händisch in Ordner zu schieben.
40 Ordner ist natürlich ne Menge Holz. Ich habe mein Mail inzwischen so eingerichtet, dass ich mit 10 Ordnern (ohne Unterordner), dafür mit etw 15-20 intelligenten Postfächern (in einem Hauptordner) einsortiert arbeite.