Ordner kannst du mit Bordmitteln nicht direkt verschlüsseln. Du kannst verschlüsselte Images anlegen, die du mounten musst, um auf den Inhalt zugreifen zu können.
Ob es Apps gibt, die Ordner verschlüsseln können, da bin ich überfragt. Wahrscheinlich ja, allerdings wüsste ich nicht, wieso ich diese brauchen sollte.
Mein Tipp: Aktiviere einfach Filevault, dann sind alle Daten verschlüsselt. Man kann mit der gleichen Technologie übrigens auch externe Medien wie USB-Sticks oder externe Festplatten verschlüsseln, allerdings sind die Medien dann nur unter OS X verwendbar. Müssen verschlüsselte Festplatten unter verschiedenen Betriebssystemen nutzbar sein, empfiehlt sich eher eine Lösung wie Veracrypt.