Mit Safari sind z.B. PDF-Downloads kein Problem. Wenn das PDF in Safari geladen ist und dargestellt wird, einfach kurz auf den Screen tappen. Dann erscheint oben rechts der "Öffnen in..." Button, um die PDF an eine andere App zu übergeben und dort zu speichen. Je nach installierten Apps erscheinen auch zwei Button. Bei mir wird z.B. zusätzlich noch "In ReaddleDocs öffnen" angezeigt. Du brauchst also auf jeden Fall eine andere App, die das PDF dann speichert und anzeigt. Wie schon die Vorschreiber sagten, iCab ist da besser für geeignet, da es eben beliebige Daten downloaden und direkt speichern und je nach Typ auch anzeigen kann. Oder aus dem Downloadmanager heraus die Datei an eine andere App übergeben.
*.zip-Dateien sind mit Safari übrigens auch kein Problem. Den Link tappen, die Datei wird dann heruntergeladen. Wenn der Download abgeschlossen ist wird man gefragt, an welche App die Datei übergeben werden soll.