Da gibts ja viele. Ich nutze "iSquint". Das Programm ist kostenlos und bietet die nette Funktion die umgewandelten Videos direkt in iTunes zu importieren.
So kann man dann z.B. mehrere Folgen einer Serie umwandeln und importieren lassen und beim nächsten Sync ist dann alles automatisch auf dem iphone.
Ich denke es wird viele Programme geben in denen man als User mit Ahnung mehr Einstellungen vornehmen kann, aber um mal schnell und einfach was zu konvertieren kannst du das auf jeden fall nehmen.